Die Gremien der BJCKM sind die jährlich stattfindende Delegiertenversammlung sowie das Herbsttreffen. Die in der Jugendordnung verankerte Delegiertenversammlung findet Anfang des Jahres statt. Auf ihr werden die wichtigsten Punkte für die Arbeit der BJCKM besprochen. Dort werden die Finanzen erörtert, Jahresplanungen erstellt und das Bundesjugendschreiben vorbereitet.
Seit 2014 findet jährlich im dritten Quartal des Jahres das sogenannte Herbsttreffen statt. Dort wird meist in Kleingruppen kreativ, aber auch produktiv und zielführend an der Zukunft und Modernisierung der BJCKM gearbeitet.
